Верно: Проведенные занятия по образовательным программам, (каким?) согласованным...
В подобных сочетаниях терминологического характера существительное ставится в форме единственного числа: участие родителей в образовательном и воспитательном процессе. Сравним: оперное и балетное искусство; промышленный и аграрный переворот; глаголы первого и второго спряжения и т. п.
Возможны оба варианта.
Верно: двадцать одно образовательное учреждение.
Решение зависит от задач пишущего. Если имеются в виду правовые и образовательные программы, запятая нужна. Если образовательные программы одновременно и правовые, то запятая не требуется.
Верно: Государственное образовательное учреждение начального профессионального образования «Профессиональное училище №.. Московской области».