Две буквы н пишутся, так как в форме слова (он) подлинен появляется так называемая беглая гласная.

Корректно: по принципу одного окна, по принципу "одно окно" (если нет согласования в падеже, то нужны кавычки).

Пунктуация при словах в принципе зависит от смысла, который вкладывает автор текста. Подробно см. в "Справочнике по пунктуации".

«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.

В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.

См.: http://new.gramota.ru//spravka/punctum?layout=item&id=58_105

В сочетаниях-повторах с приставкой пере- во второй части, имеющих усилительное значение, вторая часть пишется так же, как первая (с нн или н): штопаный-перештопаный, клееный-переклееный, но заложенный-перезаложенный.