В подземных помещениях использовать оборудование: перчатки, противогаз. В случае недостатка воздуха - резиновые перчатки, а в случае загрязнения воздуха - противогаз.

Можно поинтересоваться, чем помогут перчатки при недостатке воздуха?

Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.

Падеж прилагательных в сочетаниях числительных два, три, четыре с существительными зависит от рода существительного и его позиции в словосочетании. Корректны варианты: три подъемные платформы — три подъемных платформы. 

В данном предложении определяемым словом для причастного оборота обусловливающих опасность микробного загрязнения подземных вод является существительное объектов.   

Предпочтительна форма множественного числа.

В этом предложении следует использовать оборот не представляется возможным. Выбор глагола представляться обусловлен смыслом предложения: как представляют себе ситуацию авторы текста, возможность выполнить обсуждаемое действие отсутствует. Выражения предоставлять возможность, не предоставляется возможности синонимичны оборотам дать возможность, не дается возможности, а следовательно, подразумевается совершенно иная по своей сути ситуация (вполне вероятно, такая, когда кто-то в состоянии содействовать организации нужной работы).

В значении 'промышленное предприятие, которое ведёт добычу полезных ископаемых подземным способом' слово шахта употребляется с предлогом на: Леонид вместе со своим другом устроились работать на шахту.

Такое всегда случается с омонимами. Например: вижу ключ (ключ 1 — металлический стержень для отпирания двери; ключ 2 — место выхода подземных вод на поверхность земли; ключ 3 — нотный знак).

Кануть в Лету (книжн.) - 1) бесследно и навсегда исчезнуть, уйти в небытие (о человеке); 2) быть навечно забытым, преданным забвению (о событиях, фактах, воспоминаниях). Выражение восходит к греческой мифологии, где Лета - река забвения в подземном царстве Аида, царстве мертвых.