Конкретно в сочетании Ставка Верховного Главнокомандования (в период Великой Отечественной войны) все три слова по традиции пишутся с большой буквы, что зафиксировано словарями. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.
Правилен первый вариант: сделать ставку на что-либо, на возможности.
Корректно: Знаете, сколько готовы заплатить, – установите ставку.