Конкретно в сочетании Ставка Верховного Главнокомандования (в период Великой Отечественной войны) все три слова по традиции пишутся с большой буквы, что зафиксировано словарями. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.
Правилен первый вариант: сделать ставку на что-либо, на возможности.
Корректно: Знаете, сколько готовы заплатить, – установите ставку.
В подобных случаях запятая после второго определения не нужна. См. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Без контекста смысл предложения неясен. Ответить на вопрос не представляется возможным.
Рекомендации см. в Письмовнике.
Все правильно.
Оборот с союзом как в данном случае имеет дополнительное значение причины, а потому обособляется: Государь, как Верховный главнокомандующий, регулярно выезжает в Ставку.