Слова сама по себе не изменяются по падежам: нет кошки, которая гуляет сама по себе, вижу кошку, которая гуляет сама по себе.
Происхождение этого выражения точно не установлено. Есть версия, что оно связано с лепкой снежных баб, которые могут получиться плохими, некрасивыми, если в прямом смысле «выйдут боком» (т. е. если снежный ком будет неровным, если один бок будет выпирать).
Следует склонять фамилию: с Крутиром Семеном.