Допустимы оба варианта произношения.
Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а.
Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов.
Знак мягкости ставится, чтобы показать качество звуков: [ч'], [щ'], [й']. Обычно это делают в учебной литературе для наглядности. Однако есть и другой подход: мягкость не показывают, поскольку у звуков [ч], [щ], [й] нет твердых пар, а значит, обозначение мягкости избыточно. Такой подход применим в текстах для читателей подготовленных, твердо знающих о качествах звуков русского языка.
Такая пунктуация возможна.
Единственно возможный вариант переноса: кры-лья.
Если дополнение стоит в дательном падеже, то предлог не нужен: дозвониться Жанне.
Разница в написании объясняется тем, что слово йогурт заимствованное, а ёжик исконное. Буквосочетание йо в начале слова или после гласных пишется в ограниченном круге слов иноязычного происхождения. К слову, в XIX и XX вв. не раз звучали предложения исключить из алфавита буквы я, ю, ё, э и писать йолка, или jолка, или iолка, но они не были приняты.
Можно так: фамилия учащегося либо учащейся.