Возможно написание с прописной (в офиц. документах) и со строчной буквы (в остальных случаях).
Корректно написание со строчной буквы: так пишут в официальных документах, регламентирующих проведение ЕГЭ, и такова современная словарная фиксация.
Правильно: государственный музей-заповедник (прилагательное государственный относится к обеим частям наименования "музей-заповедник").
Да, правильно с прописной: Государственный секретарь.
Обычно в подобных случаях написание зависит от размера подразделения и уровня в иерархии. Названия наиболее крупных подразделений в организациях с большим количеством подразделений, секторов, отделов, подотделов и проч. пишут с прописной буквы.
Возможны оба варианта. Выбор формы множественного числа объясняется логически, а форму единственного числа используют для указания на общность объектов (в этом случае часто в предложении употребляются и обобщающие слова).
