Корректно: Документ по форме «Отвес», выдаваемый оператором полигона при выезде транспортного средства с полигона с указанием наименования заказчика, номера договора, государственного регистрационного номера транспортного средства, даты и времени заезда, массы транспортного средства при заезде и выезде и массы принятых отходов.

1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Знаки препинания расставлены верно. Запятая, поставленная в скобках, не нужна.

Да, запятые нужны. Нужно выделить деепричастный оборот.

Когда обозначаются годы жизни или год выхода произведения, указываются просто числа, добавлять г. или гг. не нужно.

Предложение в скобках нужно отредактировать, например: Справа пишешь, от какого инфинитива образована форма глагола, и указываешь его спряжение.

Если в скобки заключено предложение целиком, то точка ставится перед закрывающей скобкой.

Однозначного правила нет: слова в скобках могут быть как встроены в синтаксическую структуру основного предложения, так и независимы от нее.

Запятые во всех трех случаях нужны.

Более корректно было бы изменить порядок слов в предложении: При Кембриджском университете английским королём Генрихом VIII основан Тринити-колледж.