Согласно толковым словарям русского языка, значение слова штаны шире, чем значение слова брюки. Штаны – одежда, покрывающая нижнюю часть туловища и каждую ногу в отдельности. Брюки – верхняя одежда, покрывающая ноги и нижнюю часть туловища; верхние штаны. Иными словами, не каждые штаны можно назвать брюками.
Здесь верно: надеты. Но: мужчина был одет в...
У слов, которые имеют формы только множественного числа, род не определяется.
Слово замарать разговорное. Его можно употреблять в непринужденной устной речи, но в остальных случаях лучше использовать слово испачкать.
Корректно: брюки-шорты (брюки, которые превращаются...).