Пан... - начальная часть сложных слов, указывающая на полный охват явления, полное господство, преобладание того, что обозначается второй частью (панславянский, панисламский, панамериканский и т.п.).

Общее правило таково: служебные слова, входящие в состав западноевропейских фамилий, пишутся со строчной буквы (ван, де, делла и т. п.). Однако есть исключения: Ван Гог, Ван Дамм.

Можно поставить интонационное тире.

Следует писать с запятой.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Лучше всего использовать такой вариант: Совет при Учреждении Российской академии наук «Вычислительный центр РАН».