Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Слово наконец в этом предложении не является вводным и не обособляется: Биохимики из США наконец нашли средство от такого отравления.

См. § 96 «Правил русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина: «Слово наконец является вводным, если подытоживает какое-либо перечисление — явное (во-первых, во-вторых и наконец) или скрытое (как итог некоторых событий)... Наконец в качестве наречия в роли обстоятельственного члена предложения имеет значение «под конец», «напоследок» (спустя некоторое время, в результате потраченных усилий): Мы его долго ждали, и он наконец пришел... Показателем обстоятельственного значения может служить частица -то: Наконец-то услышал прокуратор... Ср. невозможность подстановки -то при перечислении».

Название Ростов Великий было придумано в середине XIX века (в древности город называли просто Ростов) и получило распространение благодаря трудам историка-краеведа Андрея Александровича Титова. В работах Титова поначалу использовалось написание Ростов-Великий, однако впоследствии прочно закрепилось написание без дефиса. Можно предполагать, что на это повлияло стремление уподобить это название наименованиям Великий Новгород, Великий Устюг с одновременной синтаксической стилизацией под древнерусский язык, где постпозитивные определения употреблялись гораздо чаще, чем сейчас. Современное написание следует сложившейся традиции. Его правомерно считать исключением из правил дефисного написания топонимов. (Ср. ситуацию с наименованием Струги-Красные: орфографическая норма требует написания через дефис, но в современной практике письма абсолютно преобладает раздельное написание; оно же зафиксировано как официальное.)

Трудности употребления причастий и причастных оборотов обычно связаны: а) с выбором нужной формы причастия; б) с местом причастия или причастного оборота в предложении; в) с возможностью (или невозможностью) замены причастного оборота придаточным предложением и, наоборот, замены придаточного предложения причастным оборотом. Рассмотрим эти случаи.

1. Должны заменяться придаточными определительными предложениями обороты, включающие неправильные формы причастий. Нельзя: Организации, первыми заасфальтирующие подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома. Следует: Организации, которые первыми асфальтируют подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома.

2. К числу ошибок, связанных с выбором формы причастия, относятся ошибки в согласовании причастий. Не правильно, например: К числу лиц, подозреваемому в угоне автомашины, следует отнести гр. Сергеева И.М., ..., (причастие связано со словом к числу, что неправильно: подозреваться могут лица, т.е. люди, а не число. Следовало поставить вопрос: К числу лиц — каких? — и нужная форма причастия подозреваемых была бы сразу найдена). Неправильно также: По поручению месткома я связался с т. Громовым (находящийся сейчас в отпуске) и передал ему запрос. Подобный отказ от согласования причастия со словом, которому оно подчиняется, делает фразу нелитературной. Следовало сказать: ...я связался с т. Громовым, находящимся сейчас в отпуске....

3. Причиной стилистических ошибок иногда служит невнимание к грамматическим свойствам причастия — категории времени, вида, залога и связанным с ними оттенкам значения.

Неправильный выбор причастных форм можно наблюдать в следующих, например, предложениях: Монтаж турбины был выполнен на три недели ранее намечаемых планом сроков (следует: намеченных планом сроков); За книги, возвращающиеся в библиотеку в плохом состоянии, читатели несут материальную ответственность (следует: возвращаемые в библиотеку).

4. Причастный оборот, т.е. причастие с относящимися к нему словами, может находиться как перед определяемым словом, так и после него. Например: прочитанная мною книга и книга, прочитанная мною.

Грубым нарушением литературной нормы является такой, например, отрыв причастного оборота от определяемого слова: выполненный план заводом; сданный экзамен учеником.

Изменение места причастного оборота может быть вызвано стремлением избежать двузначности фразы. Предложение Все ждали выступления представителя завкома, присутствовавшего на собрании нуждается в правке, так как неясно, присутствовал на собрании весь завком или только один его представитель. Правильно: Все ждали выступления присутствовавшего на собрании представителя завкома.

5. Замена придаточного определительного предложения причастным оборотом целесообразна в следующих случаях:

а) при необходимости избежать повторения союзного слова, чаще всего слова который, в цепочке придаточных. Неудачно, например: В приказе директора завода, который был зачитан на общем собрании, изложены факты, которые взволновали многих. Замена одного или даже обоих придаточных вполне уместна. Например: В приказе директора завода, зачитанном на общем собрании, изложены факты, взволновавшие многих;

б) при необходимости устранить двусмысленность фразы, возникающую в том случае, когда союзное слово может быть соотнесено с двумя или несколькими предшествующими ему словами. Неудачно: В приказе начальника управления, который уже давно известен администрации фабрики, говорится... (неясно, давно известен приказ или начальник управления). Следует сказать: В приказе начальника управления, уже давно известном администрации фабрики, говорится....

6. Замена причастного оборота придаточным предложением целесообразна при необходимости избежать повторения однотипных причастий, особенно с суффиксами -ущ-, -ащ-, -ш-, -вш- (фраза может стать весьма неблагозвучной).

Использование придаточных определительных предложений становится единственным средством, если нужные по условиям контекста причастные формы не образуются вообще или являются неправильными.

7. Не соответствуют литературной норме и подлежат правке предложения, в которых причастные обороты и определительные придаточные предложения сочетаются как однородные составные части. Неправильно, например; Студенты, успешно сдавшие экзаменационную сессию, которые решили поехать в спортивно-оздоровительный лагерь, должны получить направление на кафедре физвоспитания. Варианты исправления: 1) студенты, которые успешно сдали сессию и решили поехать...; 2) студенты, сдавшие сессию и решившие поехать... .

По общему правилу род аббревиатуры в начальный период ее образования и использования в литературном языке определяется по роду опорного слова полного наименования. Поэтому сейчас предпочтительно употреблять аббревиатуру ТОС как слово среднего рода: ТОС «Мирный» продолжило...

А вот дальше возможны варианты. Ведь род звуковой инициальной аббревиатуры зависит не только от рода опорного слова, но и от внешнего фонетического облика аббревиатуры, точнее – от ее концовки. Если аббревиатура оканчивается на согласный, то она очень часто со временем закрепляется как аббревиатура мужского рода. Например, в современном русском языке только мужского рода аббревиатуры вуз (хотя заведение), МИД (хотя министерство), загс (хотя запись). Это явление присуще многим аббревиатурам широкого и длительного употребления. Очень вероятно, со временем ТОС тоже будет восприниматься как слово мужского рода.

Большой толковый словарь

Общее правило таково: пишутся через дефис арабские, тюркские, персидские личные имена с составными частями, обозначающими социальное положение, родственные отношения и т. п., а также служебными словами – такими, как ага, ад, ал, аль, ар, ас, аш, бей, бек, заде, зуль, кызы, оглы, оль, паша, уль, хан, шах, эд, эль, эр (см.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2007). По общему правилу: Абд аль-Керим, Кёр-оглы, Измаил-бей.

При этом следует иметь в виду, что: 1) часть ибн пишется в таких именах раздельно (Ибн Сина); 2) начальная часть Бен- может писаться в таких именах как через дефис, так и раздельно; 3) написание конкретных личных имен лучше уточнять по энциклопедическому словарю.

Честно говоря, трудно представить себе более некорректный тестовый вопрос. Дело в том, что само понятие орфограммы весьма и весьма условное. Под орфограммой можно понимать как отдельное методически сформулированное правило правописания, так и любой конкретный случай написания, соответствующий правилу (иными словами, в любом тексте столько орфограмм, сколько существует возможностей для ошибки). 

Если все же попытаться дать ответ на этот вопрос, можно рассуждать следующим образом.  Орфограмма – написание, определяемое на основе правила орфографии. В действующих «Правилах русской орфографии и пунктации» 1956 года в разделе «Орфография» 124 параграфа; полный академический справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" содержит 219 параграфов, посвященных орфографическим трудностям. Учитывая, что во многих параграфах общие правила охватывают несколько более частных случаев, можно смело предположить, что верный ответ – более 120.

Вводные слова и предложения выделяются запятыми, вводные предложения могут выделяться тире (например: Есть у нас везде — думалось мне — даже и в такой дыре, Скобелеве, свои люди). Правилами регламентирована пунктуация при двух вводных словах:

«При сочетании двух вводных слов между ними ставится запятая: Чего доброго, пожалуй, и женится, из умиления души (Дост.); Стало быть, по-вашему, физическим трудом должны заниматься все без исключения? (Ч.); Признаться, право, было б жаль мне опечалить их [отца и мать] (Л.); Не надо нас мужикам-то, не ровён час, пожалуй, и в шею накладут (М.-С.)» (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 25, п. 3).

В Вашем предложении лучше следовать приведенному правилу и поставить две запятые: ...а во-вторых, думалось мне, пусть постепенно приучается к тому... 

Рекомендации в ответах на вопросы № 291542 и 284663 даны на основании полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.: § 151, прим. 2). При этом в том же справочнике приведено слово мини-ЭВМ, в котором часть мини присоединена к аббревиатуре дефисом в соответствии с общей рекомендацией о написании этой части. То же написание дано в академическом «Русском орфографическом словаре» (1999–2023), где находим и слово с дефисно пишущейся приставкой — экс-ГДР.

Сочетания типа анти-РСЗО-защита не были учтены правилами, подобных примеров нет и в словаре. Рекомендация о двух дефисах соответствует правилу § 152 полного академического справочника под ред. В. В. Лопатина.

Уточнить рекомендации можно будет после изучения этого сложного материала.