Корректен первый вариант.
Научный термин в научном тексте нужно писать латиницей. Однако коронавирус распространяется стремительно, также стремительно языком осваивается название болезни, которую вызывает этот вирус. Заимствованную аббревиатуру (COVID расшифровывается как COronaVIrus Disease) уже начинают склонять, а склоняемые формы удобнее писать кириллицей, поэтому написания КОВИД и ковид все чаще и чаще появляются не только в личной переписке, но и в СМИ. Судя по тому, что тема коронавируса будет нас тревожить еще не меньше месяца, у варианта ковид есть шанс закрепиться в языке.
Слова тем не менее обычно выполняют функцию союза и не обособляются, хотя иногда их выделяют как вводные при соответствующей интонации.
Правило таково. При встрече внутри предложения запятой и тире сначала ставится запятая, а после нее тире. То есть тире не поглощает запятую. В справочнике Д. Э. Розенталя это глава "Сочетание знаков препинания".
Верно: Вы можете переписываться в беседах, не отрываясь от разговора, — достаточно просто свернуть звонок. Пересчитали комментарии с учетом только уникальных пользователей, которые оставляют меньше 11 комментариев в сутки (чтобы исключить ботов), — всё равно рост от года к году.
Второе приведенное Вами предложение сложноподчиненное, тире в нем лучше не ставить.
Не пишется слитно в составе глагольной приставки недо-, означающей неполноту, недостаточность по сравнению с нормой: недоварить (варя, не довести до состояния готовности), недоделать (сделать меньше нужного).
Но от глаголов с приставкой недо- следует отличать глаголы с приставкой до- и предшествующей частицей не (такие глаголы с частицей не обозначают не доведенное до конца действие, они пишутся с не раздельно — по общему правилу), например: мама не доварила суп (не смогла, не успела доварить), я не доделал работу (не смог, не захотел доделать).
Обосновать, почему в том или ином месте знак ставить не надо, труднее, чем объяснить, почему необходимый знак отсутствует: в правилах пунктуации в основном представлены случаи, в которых надо ставить тот или иной знак препинания, и гораздо меньше внимания уделяется ситуациям, когда никакой знак не ставится. При ответе на вопросы о конкретных предложениях часто приходится ограничиваться замечанием, что для постановки знака (знаков) нет оснований. Приведенное Вами предложение именно такое.
Впрочем, в этом предложении допустимы знаки препинания, выделяющие обстоятельство в темноте, которое можно логически осмыслить как уточнение к обстоятельству во время ненастья: Жутко оказаться в лесу во время ненастья, в темноте, рядом с диким зверьем.
Не выделяется: Тем не менее я был уверен, что этих средств будет достаточно.
