Правилен первый вариант.
Минимальная сумма, которую можно заработать в 2015 году, – 15 тысяч рублей, в 2016 году – 20 тысяч рублей, с последующим ежегодным ростом до 40 тысяч рублей к 2020 году.
Условные названия заключают в кавычки. Сомневаемся насчет "условности" названия карбонара - ведь это слово употребляется в русском языке исключительно как название кулинарного блюда (в отличие от слов лето, Ницца и др.).
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2003) варианты исчисляться чем и во что приведены как равноправные.
Смысл этого предложения неясен, фразу следует перестроить.
Корректно: лишние 1000 (тысяча) рублей и лишняя тысяча рублей. Обратите внимание, что при согласовании по форме ед. ч. ж. р. слово тысяча не следует писать цифрами.