В первом предложении запятая не нужна, во втором нужна, в третьем факультативна.
При таком строе предложения перед «то» может стоять только запятая.
1. Запятая поставлена правильно.
2. Корректно: Скажите, как оплачивается работа – по заданиям или по времени или Скажите, как оплачивается работа? По заданиям или по времени?
При отрицании употребляется второй вариант.
Такая логика губительна для правописания. Правила написания не со словами разных частей речи и без того непросты и не нуждаются в дальнейшем усложнении (к тому же искусственном, никак не опирающемся на практику письма). Аналогии с правилами написания не с прилагательными не видим: у Вас в обоих примерах отрицание действия, а не утверждение.
Вы спрашиваете об области письма, которую трудно регламентировать. Однако некоторые точки орфографической опоры все же есть.
Правила русской орфографии рекомендуют писать в географических названиях артикли, стоящие в начале названия, с прописной буквы, а стоящие не в начале, со строчной (Эль-Кувейт, Баб-эль-Мандебский пролив).
Для имен рекомендации таковы.
Составные части арабских, тюркских, персидских имен, обозначающие социальное положение, родственные отношения и т. п., а также служебные слова (ага, ад, ал, аль, ас, ар, аш, бей, бек, заде, зуль, ибн, кызы, оглы, оль, паша, уль, хан, шах, эд, эль и др.) пишутся, как правило, со строчной буквы, напр.: Керим-ага, Салах-ад-Дин, Зайн ал-Абидин, аль-Бируни, аль-Джахм, Гарун-аль-Рашид, Сабах ас-Салем ас-Сабах, Омар аш-Шариф, Ибрагим-бей, Гасан-бек, Турсун-заде, Салах зуль-Фикар, Ахмед ибн Абдуллах, Сабит ибн Курра, Кёр-оглы, Мамед-оглы, Абиль-паша, Сейф уль-Ислам, Мирза-хан, Мелик-шах, эль-Куни, эс-Зайят. Так же пишется конечная часть -сан в японских собственных именах, напр.: Комияма-сан, Чио-Чио-сан.
В некоторых именах закреплено традиционное написание указанных частей (начальных) с прописной буквы, напр.: Ибн Рушд, Ибн Сина, Ибн Эзра, Хан-Пира, Шах-Джахан. Написание конкретных собственных имен этой группы уточняется по энциклопедическому словарю.
Всегда пишется с прописной буквы начальная часть Тер- в армянских фамилиях: Тер-Габриэлян, Тер-Петросян.
Также советуем познакомиться с Инструкцией по передаче на картах географических названий арабских стран. Инструкция издана в 1966 году, но подобными инструкциями пользуются до сих пор, так как замены им пока нет.
Запятая в таком предложении не нужна.
Здесь верно: ни были.
При глаголе с отрицанием в данном случае возможно употребление как родительного, так и винительного падежа. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Обратите внимание: слово бронь, несмотря на широкую употребительность, в словарях сейчас отмечается как разговорное (а раньше оно вообще не допускалось, считалось просторечием, и до сих пор некоторые издания фиксируют этот вариант как ошибочный). Согласно словарям, общеупотребительно и стилистически нейтрально в этом значении: броня (с ударением на о). Подробнее см. в ответе на вопрос № 274505.