Это решение принято редакторами словаря, не редакцией портала. Решение оправданное: род аббревиатуры определяется по родовому слову: БАД - добавка, женский род. Но, как Вы справедливо замечаете, могут быть и исключения.

В обычных текстах правильно: Священный синод и Синод (если это слово выступает вместо сочетания Священный синод).  В церковных текстах принято написание Священный Синод (на что и указывает словарь православной лексики).

Нет, в официальных документах с прописной принято писать наименования Государственный герб РФ, Государственный гимн РФ, Государственный флаг РФ. К символам иных государств (в том числе и СССР) это не относится.   

Лексический состав и грамматическое строение предложения не позволяют однозначно решить, чем является собственно — вводным словом или частицей. Это тот случай, когда только Вы, как автор текста, можете принять решение.

Предложение может быть понято двояким образом.

В большинстве случаев слово одна избыточно. Например, правильно: тысяча девятьсот девяносто девятый год; На Вашем счете тысяча рублей. При этом в финансовых документах при указании сумм слово одна опускать не принято. 

1. См. ответ № 232783. 2. Это рекомендации справочников. Однако в официальных названиях исполнительных органов государственной власти республик Российской Федерации принято названия республик не склонять: Правительство Республики Бурятия, Кабинет министров Республики Адыгея.

Для газетного объявления обычно принципиально количество печатных знаков, поэтому текст объявления принято сокращать: продам 1-комн. кв. (1 000 000 руб.). Если же количество знаков непринципиально, то возможны оба предложенных Вами варианта.

Такие названия принято склонять: работаю в «Инфосистемах Джет», «Вертолетах России». Однако в более официальной речи добавляют родовое слово (компания) — тогда название не склоняется: работаю в компании «Инфосистемы Джет», компании «Вертолеты России».