Запятую надо поставить.

Счетные местоименные наречия столько, сколько, много, немного, мало, немало согласуются иключительно со сказуемым в форме единственного числа: Столько долгов накопилось! Довольно много народу пришло на лекцию. Немало знаменательных событий предшествовало этому дню. Такое требование содержится в академической «Русской грамматике».

Д. Э. Розенталь в «Справочнике по правописанию и литературной правке» отмечает, что в последнее время форма множественного числа в подобных конструкциях «…встречавшаяся в прошлом редко, находит все большее распространение»: Сколько замученных работой калек помирают с голоду (М. Горький).

Таким образом, можно говорить о предпочтительности формы много людей думает и допустимости варианта много людей думают.

Вариант 3 имеет право на существование. В газетных текстах (особенно в заголовках) кавычки при прямой речи, цитатах нередко опускают, сохраняя прописную букву в начале цитаты. Ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: Президент Франции сказал: Обмен мнениями был полезен.

Правило есть, оно приведено в словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011). С прописной буквы пишутся нарицательные слова, выступающие как названия персонажей в сказках, пьесах, баснях и некоторых других произведениях художественной литературы, фольклора, напр.: Красная Шапочка, Змей Горыныч, Серый Волк, Синяя Борода и т. д. По аналогии с написанием Серый Волк корректно: Бурый Медведь, Гималайский Медведь, Синий Кит.

В орфографическом словаре есть рентгенотерапия и рентгенодиагностика (с фиксируемым вариантом рентген-диагностика). По аналогии слитно и с буквой О должно писаться слово рентгенохирургия (как вариант - рентген-хирургия).

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Запятые нужны (нет оснований их не ставить): Не знаю почему, и он не знает, что делать. Не знаю почему, и я не знаю, что делать.

1. Гласную И в безударном падежном окончании прилагательного можно проверить прилагательным с ударным окончанием в той же форме, например: ограждением большИМ, ограждением заслоняющИМ.

2. Предлог СО используется вместо предлога С в тех случаях, когда произнесение предлога без гласной фонетически затруднено. Например, при стечении согласных в начале слова. Правильно: со встроенным.

Дело в том, что вы приводите ОРФОГРАФИЧЕСКОЕ правило (правило правописания), а спрашиваете - о СЛОВООБРАЗОВАТЕЛЬНЫХ законах. Это разные вещи. Слова с первой частью на -О (крово-, песно-, зверо-, басно-) по преимуществу имеют книжный характер и восходят к церковнославянизмам.