Орфографическая комиссия РАН отдельно обсуждала написание слов такого типа и приняла решение придерживаться дефисного написания (хотя прежде в словарях рекомендовалось слитное). Дефис обусловлен наличием в первой части компонента -лог-. Наличие этого компонента влияет на дефисное написание именно прилагательных, поэтому пишется геолого-разведочный (хотя геологоразведка), патолого-анатомический (хотя патологоанатом).
Да, запятая нужна.
SantaMariadelFiore.jpg" width=134 align=left border=0>Правильно дефисное написание. В нашем издании справочника А. Э. Мильчина зафиксировано: названия церквей и соборов с элементами Сан-, Санта-, Сент- пишутся с прописной буквы через дефис (см.: А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова. Справочник издателя и автора. М., 2003. С. 80). Такая же рекомендация приведена и в «Русском орфографическом словаре» РАН:
Сан-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Сан-Марино (государство), Сан-Ремо, Сан-Сальвадор, Сан-Себастьян, Сан-Диего, Сан-Хосе (города), Сан-Паулу (город и штат), Сан-Карло (собор и театр)
Санта-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Санта-Крус (город, остров, река, провинция), Санта-Барбара, Санта-Клара, Санта-Мария (города), Санта-Лючия (поселок), Санта-Кроче (церковь)
То же в названиях церквей, храмов, состоящих из нескольких слов: Санта-Мария дель Фьоре, Санта-Мария делле Грацие, Сан-Пьетро ин Винколи и др.
Корректно: Я терялся в догадках: что было на уме у начальника и каким образом он собирался выполнить квартальный план за один месяц.
Ответ был дан, по-видимому, по «Морфемно-орфографическому словарю» А. Н. Тихонова (М., 2002), то же в электронной версии словаря. В «Морфемно-словообразовательном словаре» И. В. Гурковой (М., 2012) представлены слова запасать и, как производное, запасаться, в которых обозначен корень запас-.
Однако более правильным представляется выделение в словах запас, запасать, запасти связного корня -пас-. Тот же корень в словах припасти, напасти, а при более этимологичном подходе еще и спасти, спасать. Такая точка зрения представлена, кроме упомянутых словарей Б. Т. Панова — А. В. Текучева и З. А. Потихи, в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Более того, можно предположить, что в «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова содержится опечатка или ошибка. Так, в статьях припасти, припастись и напасти, напастись дается отсылка к за/пас/ти, за/пас/ти/сь. В «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова (М., 1990) статьи запасти, припасти, напасти снабжены перекрестными отсылками. Ср. статьи «Морфемно-орфографического словаря»:
запас | запа'с/
запасти | запас/ти'
напасти1 | на/пас/ти'1 [ср.: за/пас/ти']
напастись1 | на/пас/ти'/сь1 [ср.: за/пас/ти'/сь]
припасти | при/пас/ти' [ср.: за/пас/ти']
припастись | при/пас/ти'/сь [ср.: за/пас/ти'/сь]
Запятую нужно поставить: две части сложносочиненного предложения соединены союзом И.