Под ударением произносится [э]: в Моск[в'э́].

В безударной позиции звука [э] быть не может. Вместо него произносится звук средний между [э] и [и], его называют «и с призвуком э» или «и, склонное к э». Фонетическая запись здесь может быть разной. В более точной транскрипции будет использован знак [и^э]: на окраи[н'и^э], а в менее точной, в том числе в школе, — либо [и] (на окраи[н'и]), либо [э] (на окраи[н'э]). Последний вариант возможен, если следовать методической традиции, в соответствии с которой безударные окончания при транскрибировании сохраняют вид, позволяющий избежать ошибочного написания.

Действительно, в русском литературном языке и акающих русских говорах действует качественная редукция, при которой фонемы /а/ и /о/ в безударных слогах после твердых согласных совпадают в слаборедуцированном звуке [а] или [ъ]. Позиция первого – абсолютное начало слова и первый предударный слог, второго – остальные неударные слоги. Чтобы правильно передать буквой безударный гласный звук, ученик должен подобрать проверочное слово.

Кроме акающих говоров есть окающие говоры, в которых фонемы /а/ и /о/ в безударных слогах после твердых согласных могут не совпадать. В таких говорах обычно звук [о] представляет фонему /о/, а звук [а] – фонему /а/. Носителям этих говоров гораздо проще писать безударные гласные. Но в некоторых случаях непроверяемые безударные гласные получили на письме отражение в виде аканья, то есть передаются буквой а, хотя этимологически сдержали фонему /о/. В этих говорах произносят б[о]ран, ст[о]кан, р[о]бота.

Нет, это не омонимы. В сочетании красный командир прилагательное изменило свое значение.

Обычно непроизносимыми являются согласные д и т в сочетаниях стн, здн, рдц, рдч, стц, здц, нтск, ндск и согласные в и л в сочетаниях вств и лнц. В некоторых случаях наблюдается вариантность произношения: например, в словах костный, костлявый согласная т непроизносима, а в словах постлать, разостлать произношение без [т] не рекомендуется; в слове чувство есть непроизносимый согласный, а в слове явственный — нет, и в соответствии с литературной нормой следует произносить как [ф].

В этом прилагательном выделяется корень прекрасн- и окончание -ый. Велик соблазн увидеть здесь приставку пре- и корень -крас-, но в современном русском языке прекрасный утратило живые словообразовательные связи со словами, имеющими корень крас-, а красный в современном языке называет цвет и не используется в значении 'красивый'. Поэтому выделяем корень прекрасн-.

Если это сочетание осмысляется именно как имя персонажа, а не как описательный оборот, то возможны два варианта: Крысиный король и Крысиный Король. Ср.: Маленький принц, Зеленый рыцарь и Прекрасная Дама, Белый Кролик. Выбор за автором.