Существуют различные варианты оформления перечней, они подробно описаны в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой. Однако главный принцип таков: разные ступени перечня должны быть выделены по-разному (например, абзацным членением, римскими и арабскими цифрами, прописными и строчными буквами, шрифтовыми выделениями и т. п. Ваш перечень состоит из двух уровней, поэтому его оформление может быть весьма простым. Например:

Характеристики корабля:
— энергия: 18;
— скорость: 14;
— сила: 15.

Сказуемое выпустила согласуется с подлежащим компания, а определение гитарная — с дополнением педаль, находящимся в форме винительного падежа. Как удалось выяснить из специальных текстов, гитарная педаль для создания специального эффекта называется педаль фузза, а то, что в приведенном предложении названо виртуальным эффектом, обычно обозначается словом плагин. Соответственно, предлагаем вариант: Компания DeepSoundLab выпустила новый плагин LittleFuzzE — гитарную педаль фузза с минималистичным управлением и акцентом на аутентичный «железный» звук.

Правильно раздельное написание: по крайней мере. Написание через дефис невозможно.

Слова по крайней мере могут быть выделены запятыми как вводные. Обычно запятые ставятся, если слова по крайней мере расположены после слов, с которыми связаны по смыслу: Во мне, по крайней мере, ненависть к ней часто кипела страшная! (Л. Толстой, Крейцерова соната). При ином порядке слов (когда слова по крайней мере расположены перед соотносящимися с ними по смыслу словами) обособление, как правило, не требуется: На нем появились даже краски, в глазах блеск, что-то вроде отваги или по крайней мере самоуверенности. (И. Гончаров, Обломов).

Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

1. Да, такое правило существует, оно подробно описано в "Русской грамматике" (М., 1980). Если кратко, то форма на -У для ряда слов второго склонения соответствует "местному" значению предложного падежа (где - в лесу, в порту, на дому).

2. Это винительный падеж. Цитируем "Русскую грамматику":

Во мн. ч. последовательно выражается принадлежность слов к лексико-грамматическому разряду существительных одушевленных или неодушевленных (см. § 1129). Исключение составляют формы вин. п. одушевленных существительных муж. и жен. р., совпадающие с формой им., а не род. п. мн. ч., в таких сочетаниях, как 1) выбрать в депутаты, поступить в машинистки, пойти в летчики; 2) играть в казаки-разбойники, в дочки-матери, в кошки-мышки.

Примечание. В том случае, если слово, называющее лицо, во мн. ч. не употребляется как название игры, то в сочетании с глаголом играть употребляется форма вин. п., совпадающая с формой род. п., например: играть в казаки-разбойники, но играть в чапаевцев, в космонавтов.

Междометия занимают особое положение в системе частей речи. Они не относятся ни к самостоятельным, ни к служебным словам.

Вопрос о частеречной принадлежности звукоподражательных слов по-разному решается лингвистами. Звукоподражания тоже занимают особое место в грамматической системе русского языка, и по некоторым признакам междометия и звукоподражательные слова можно сблизить, но нельзя сказать, что это одна и та же часть речи. Наиболее корректной представляется формулировка, выбранная авторами академической «Русской грамматики» (1980) (ключевые слова выделены нами): «По ряду признаков к междометиям примыкают звукоподражания, представляющие собой условные преднамеренные воспроизведения звучаний, сопровождающих действия, производимые человеком, животным или предметом».

В этих предложениях обстоятельство цели, выраженное сочетанием существительных с первообразным (непроизводным) предлогом для. В справочниках по русской пунктуации, в частности в параграфе 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, указано, что подобного рода обстоятельства факультативно «обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения». Находясь, однако, в начальной позиции в предложении, они не могут ничего пояснять, тем более «попутно»; фона, на котором они могли бы быть выделены, также нет. Следовательно, обособлять обстоятельство в нашем случае нет оснований. Показательно, что в цитируемом параграфе приведены только такие примеры, в которых обстоятельство находится в срединной позиции в предложении.

Если смысловой акцент падает на слова исходя из условий сделки (и они входят в состав сказуемого), запятая перед исходя не нужна.

Если акцент падает на слова советом директоров общества, то запятая перед исходя нужна.