Корректны два варианта: 

• Она сидела и думала, с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать.
• Она сидела и думала: с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать?

Запятая перед соединительными и разделительными союзами в сложносочиненном предложении не ставится, если в его состав входят вопросительные предложения: Это кто такие и что им надобно? (П.) — объединяет вопросительная интонация; Который теперь час и сколько времени осталось до отхода поезда?; Когда состоится конференция и какова повестка дня?; Вы придёте ко мне или мне прийти к вам?

Выражение употребляется в профессиональной речи, в том числе в официальных документах.

Действительно, в этом предложении частица не относится не к сказуемому-существительному обитатели, а к определению единственные. Такие случаи не кодифицированы справочниками по русской пунктуации.

Если приведенная Вами фраза – часть сложного предложения, присоединяемая союзом в связи с чем (..., в связи с чем прошу Вас...), то запятую надо ставить перед союзом. Если же это самостоятельное предложение, то вместо В связи с чем лучше сказать В связи с этим (нехорошо начинать предложение со слов в связи с чем). Запятые в этом предложении не нужны.

Вопрос о морфемном членении приведенных Вами слов непростой. Возможны различные подходы к морфемному членению слова, основанные на разных научных основаниях, предпринятые для разных научных или учебных целей. Есть и языковая интуиция носителя языка, которую обязательно нужно учитывать, чтобы не превратить анализ языкового явления исключительно в формальную процедуру. Морфемный разбор, как и разбор любого другого языкового явления, по большому счету не самоцель. Осознавать, из каких морфем состоит слово, нам нужно для того, чтобы понимать, по каким законам оно образовалось, как пишется, какую стилистическую роль играют отдельные морфемы в тексте и др. 

В современном русском языке слово объятия образуется от глагола объять, он, в свою очередь, ни от чего не образуется. На этом основании можно выделять корень объя-. 

Однако, если сопоставить слова объять, объятия с разъять, разъём, изъятие, изъять, родство которых носитель русского языка может чувствовать (слова действительно связаны общим происхождением от древнего глагола яти 'брать'), в которых легко опознаются приставки с характерными для них значениями, то можно выделить общий корень -я-/-ём-. Его значение сформулировать трудно, оно не так легко вычленяется из значения слова, как значение многих других корней. Но в языке есть такие семантически опустошенные корни (напр., в словах об/у/ть, раз/у/ть). Так что выделение приставки об- в слове объятия имеет под собой научные основания. Методически такой анализ слов тем более целесообразен. Отказавшись выделять приставку в словах объем, разъем, объятия, взъерошить и многих других, нам придется усложнять правило употребления разделительных ъ и ь знаков большим списком слов-исключений. Ни методисты, ни лингвисты не идут этим путем, предпочитая чуть более этимологизированный анализ структуры слова, поддерживаемый языковой интуицией (ср. описание орфографии слова объять в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря»).

Не стоит спорить о структуре подобных слов, гораздо интереснее и полезнее понаблюдать за разными языковыми явлениями и закономерностями. Если ребенок может сам объяснить то, как разделил слово на морфемы, если для его разбора есть лингвистические основания, то такой разбор, конечно, нужно принять. Но при этом важно объяснить, что здесь возможен и другой подход.

Выбор винительного и родительного падежа при глаголе с отрицанием – это довольно сложная область русской грамматики. «Единая старая норма обязательного родительного падежа при глаголах с отрицанием в современном языке под влиянием разговорной речи не выдерживается: во многих случаях употребление винительного падежа не только предпочитается, но и является единственно правильным» – так написано в академической «Русской грамматике» 1980 года. За прошедшие с того времени 40 лет эта тенденция только укрепилась и усилилась.

Есть ситуации, в которых может употребляться или только родительный, или только винительный падеж. Однако часто можно говорить лишь о предпочтительности одной из форм или о равных возможностях для их употребления. Во многих случаях несколько факторов, влияющих на выбор формы, действуют разнонаправленно. Эти факторы описаны в научной и справочной литературе («Русская грамматика» 1980 г., «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской, «Практическая стилистика современного русского языка» Ю. А. Бельчикова и др.). Обобщение рекомендаций сделано в «Письмовнике».

В сочетании не ранить чувства других нет признаков, которые указывали бы на обязательность родительного падежа. Винительный падеж подчеркивает конкретность объекта, на который направлено действие. Ю. А. Бельчиков показывает эту особенность на таких примерах: Не делай ошибок и Поупражняйся в написании глагольных форм и больше не делай ошибки. В первом предложении речь идет об ошибках вообще, а во втором – о конкретных орфографических ошибках. В современной нехудожественной литературе сочетание не ранить чувства кого-то (о многих) довольно частотно. Встречается и синонимичное сочетание: не оскорбить чувства других (В. Пелевин), не оскорбить чувства христиан (журн. «Знание – сила»). Возникающая омонимия форм род. падежа ед. числа (такое употребление немного архаично) и вин. падежа множ. числа обычно снимается контекстом.

Мы обсудили Ваш пример с коллегами из отдела культуры русской речи Института русского языка РАН. Е. М. Лазуткина, ведущий научный сотрудник, считает, что в Вашем случае винительный падеж предпочтителен. Другие коллеги склонны принять оба варианта как допустимые. Однако все согласны в том, что сочетание не ранить чувства других не следует считать ошибкой в экзаменационном сочинении.