Классические правила типографики требуют, чтобы кавычки были того же начертания, что и заключенный в них текст. Если текст набран полужирным начертанием, то и кавычки должны быть такие же. Поэтому рекомендуем: ...слова «специальность „Филология“» указывают на то, что...

Предлог включая предполагает, что предмет, явление и т. п. включается в некоторое целое наряду с другими, поэтому в случаях, если требуется привести исчерпывающий список чего-либо, использовать этот предлог не нужно:

...содержит описание результатов технического обследования централизованной системы водоотведения:
– описание существующих канализационных очистных сооружений;
– определение существующего дефицита (резерва) мощностей сооружений;
– описание локальных очистных сооружений, создаваемых абонентами.

В этом предложении частица находится не между подлежащим и сказуемым, а между словами из группы сказуемого: один стыд. Тире необходимо.

Сергей, Ваши аргументы вполне убедительны. Правда, необходимо отметить, что правила постановки запятой на стыке союзов охватывают не только случаи встречи двух подчинительных союзов (или подчинительного союза и союзного слова), но и случаи встречи сочинительного и подчинительного союзов (или сочинительного союза и союзного слова). А союз однако, будучи аналогом противительного союза но, входит в число сочинительных (можно считать однако присоединительным союзом, но и присоединительные союзы тоже относятся к сочинительным).

Вместе с тем нельзя забывать, что пунктуация основана на несколько иных принципах, нежели орфография. К пунктуации неприменимы требования полной унификации, как к орфографии; в отличие от орфографии, многое в пунктуации определяется замыслом автора текста и конкретной речевой ситуацией. Если автор чувствует, что отсутствие запятой в конкретном случае может исказить смысл текста, он, безусловно, имеет право поставить запятую. Мы согласны с Вами, что право принятия окончательного решения о постановке или непостановке запятой на стыке союзов однако и если... то (особенно с учетом некоторой недосказанности правил и сложившейся практики письма) следует оставить за автором текста.

Спасибо за развернутый комментарий. Отметим несколько важных моментов:

1. Вы ссылаетесь на технический, а не на орфографический справочник.

2. Годы, месяцы, сутки - все это может употребляться в сочетании с количественными числительными. Слово год (лет), правда, сокращают в этом случае редко - сокращать и без того короткое слово нет необходимости.

3. Справочники по техническому оформлению текста  (в том числе авторитетный справочник А. Э. Мильчина), орфографические справочники единогласно рекомендуют писать сокращенные слова секунда, минута, час с точкой.

Так Вам и нужно принять решение: склонять фамилию как русскую на -ин (с Берлиным) или склонять как мужскую иноязычную (с Берлином). Ср.: с Чаплиным (Всеволодом) и с Чаплином (Чарли).

Если женская фамилия Берлин (не Берлина), то соответствующую мужскую корректно склонять как иноязычную (с Берлином).

По своему жанру инструкция - это канцелярский, а не научный текст.

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»). 

Согласимся с Вами, что такое цитирование неправильно. Но так как это сложный случай, который не оговорен в справочниках и в школьных учебниках, то полагаем, что за ошибку в выпускном сочинении его считать не стоит. Для обеспечения единых критериев оценивания подобные случаи необходимо выносить на профессиональное обсуждение. 

Вы спрашиваете о ситуации, недостаточно четко описанной в правилах. Деепричастные обороты со значением образа действия все же чаще обособляются, потому что имеют отчетливое значение второго, сопутствующего действия. В предложении Ознакомиться с полной версией вы сможете, перейдя по ссылке также говорится о двух действиях: когда (если) перейдете по ссылке, то ознакомитесь. То же и в предложении из вопроса № 297889.