Слово наверняка не является вводным и не обособляется.

Предпочтительно: Есть вещи, которых лучше не знать. При глаголах восприятия мысли (видеть, слышать, понимать, думать, знать, хотеть и т. п.) в конструкциях с отрицанием обычно употребляется не винительный, а родительный падеж (не знать чего-либо).

Судя по всему – вводное сочетание. Вводные слова и сочетания обычно не отделяются знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения. Корректно: Есть вещи, которых лучше не знать. И судя по всему, большинство считает, что это грамматика и пунктуация. Но для интонационного выделения вводного сочетания запятая после союза и может быть поставлена (это решает автор текста).

Вряд ли такое употребление будет уместно. Под бутиком обычно понимают современный модный магазин дорогой одежды, обуви, галантереи, изготовленных малыми сериями. Но даже если мы уберем из значения компонент 'одежда, обувь' – могут ли быть модными кондитерские изделия?

Действительно, запятая после слов в настоящее время не нужна. Нет совершенно никаких оснований для ее постановки.

Вы задаете непростой вопрос. Действительно, со слова например начинается пояснительный оборот. Вводные слова, стоящие в начале обособленного оборота, от самого оборота запятой не отделяются, чтобы читателю было понятно, что вводное слово относится именно к обороту, а не к предшествующему тексту. Но в Вашем примере сам оборот графически оформлен как самостоятельное предложение (такое явление называется парцелляцией). Подобные ситуации в справочниках по пунктуации не описаны. При этом указано, что, выделяя оборот скобками (т. е. более сильным знаком), запятую после вводного слова ставить нужно (например, как здесь). Полагаем, что после точки, как и после скобки, обособление вводного слова предпочтительно. 

Можно поставить интонационное тире как факультативный знак.

Правильно: в Видном, в подмосковном Видном и (в канцелярской речи) в городе Видное.

Пунктуация корректна.

Правильно склонять: в городе Геленджике, города Геленджика.