Поставленная Вами запятая нужна. Сочетание "сердце экономической жизни" не вполне корректно стилистически.

Запятая на стыке союзов ставится, если после первого союза (и) следует одиночный союз в придаточной части (чтобы). Верно: На каждого жителя государство выделяет определенную сумму, и, чтобы пролечить кверулянта, придется ущемить другого пациента.

Сочетание прежде всего в значении 'в первую очередь' не является вводным: Университеты нашей цивилизации — удивительные организмы, и прежде всего они удивительны своей способностью жить гораздо дольше человеческого века.

Корректно написание со строчной буквы. 

Да, между подлежащим четверть века и сказуемым-существительным (немалый) срок тире ставится.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Такое употребление корректно.

Кавычки не нужны.

Оба варианта правильны.