По правилам русской пунктуации никаких знаков препинания внутри этого предложения не требуется.

Верная форма этого выражения: заботиться как о родной матери. Его значение таково: 'проявлять заботу о ком-чём-л. столь же старательно, как если бы речь шла о родной матери'.

Корректно: Самая первая гипотеза (о чем, кажется, в то время было слышно из каждого утюга), которую он вспомнил, — это «все проблемы из детства». Они много говорили и вместе размышляли на тему, почему рождаются дети с особенностями в развитии и какие меры нужно предпринять, чтобы этого не допустить.

Варианты интернет и Интернет равноправны и зафиксированы орфографическим словарем. Как первая часть сложных слов интернет- пишется с маленькой буквы. 

Выбор зависит исключительно от желания автора текста. При этом со строчной пишут всё чаще (особенно молодые носители языка), написание с прописной уходит.

Запятая нужна: определение отечественный поясняет определение наш (= «наш, то есть отечественный»). В таких случаях между определениями ставится запятая.

Словари, о которых Вы говорите, создавались в разное время и отражают разные этапы освоения этого слова русским языком. Раньше нормой был вариант альпака́ — несклоняемое существительное с ударением на последнем слоге. Сейчас словари фиксируют это существительное как склоняемое с ударением на втором слоге, причем возможны варианты: альпа́к (мужской род) и альпа́ка (женский род).

Правильно: зиждется, зиждутся, как указано в орфографическом словаре. В «Большом орфоэпическом словаре русского языка», к сожалению, допущена опечатка.

Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

Правильно дефисное написание. «Большой толковый словарь русского языка» не учитывает многих закономерностей, выявленных орфографистами в последние годы и десятилетия. В вопросах правописания следует ориентироваться на орфографический словарь, а не на толковый.

На родовую принадлежность влияет внешний облик этого слова: вуз — звуковая аббревиатура, пишется по традиции строчными, склоняется, т. е. она максимально «похожа» на обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения. Облик слова в данном случае оказался важнее опорного слова заведение.