Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

После слова пребывания следует поставить тире или двоеточие. Выбор знака препинания зависит от контекста.

В этом предложении знаки препинания не требуются. Обратите внимание, что в нем допущены орфографические и речевые ошибки. Возможный вариант правки: В ответном письме просим также указать сроки предоставления вышеуказанных документов.

Правильно: школу окончил сорок один ученик.

Предпочтительно: окончил.

Такое сочетание не вполне корректно.

Правильно: оканчивая школу.

Фамилия Булава должна склоняться – и мужская, и женская. Законы русской грамматики предписывают склонять все мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный. Единственное исключение – фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя (понятно, что фамилия Булава к этим исключениям не относится, она явно не французского происхождения).

Бывшим одноклассником можно назвать такого человека, который в настоящее время учится в другом классе (перешел, переведен в другой класс). По отношению к людям, окончившим школу, такое словоупотребление не вполне верно, хотя и встречается в разговорной речи.