Оба словаря достойны самого пристального читательского внимания, в чем лишний раз убеждает Ваше наблюдение. М. М. Пришвин пишет в повести «Серая сова»: «У бобров были характеры если не сложные, то очень противоречивые, с резко выраженными индивидуальными особенностями». Предполагаем, что в случае с вариантами бобр и бобер могут себя обнаруживать еще и действительные, природные предпосылки.

Правило простое: при дробных числительных существительное употребляется в форме единственного числа родительного падежа: 4,3 рубля, 67,84 километра, 2,89 миллиарда. Слово доллар уже не зависит напрямую от числительного, поэтому ставится во множественном числе: 2,89 миллиарда (чего?) долларов.

Поэтому верно: Две целых восемьдесят девять сотых миллиарда долларов; одна целая тридцать одна сотая миллиарда долларов.

Орфографический словарь сообщает: 

экстра... – приставка, пишется слитно, но: э́кстра-кла́сс, э́кстра-по́чта, э́кстра-та́йм, э́кстра-э́нд.

Насколько мы можем судить, исключения связаны с тем, что в этих словах элемент экстра- является не приставкой, а несклоняемым прилагатетельным. См. в том же словаое: э́кстра, неизм. (ча́й э́кстра) и -ы (товар высшего сорта, разг.). Поэтому мы бы рекомендовали писать слова экстра-выгода, экстра-экономия, экстра-цена через дефис. 

Примеры подобного рода отсутствуют в справочниках, как представляется, не случайно. В практике письма, если возникает необходимость в дополнительной «порции» слов автора, относящихся к одному и тому же фрагменту прямой речи, эта «порция» оформляется как отдельное предложение, с прописной буквы и с соответствующим порядком слов:

— Я не потерплю в своём доме, — сказала мама, — никаких животных, ни пушистых, ни лысых. — Она презрительно кивнула в сторону кота.

Вопрос зачем? — это вопрос о цели того или иного действия, вопрос почему? — вопрос о причине. Так что Вы совершенно правы в своих рассуждениях, только дело не в наличии/отсутствии отрицания, а в логике высказывания. 

В первых двух примерах слово "отрасль" избыточно.

Сами по себе эти слова не требуют обособления. Но присоединительные обороты, начинающиеся союзом «к тому же», выделяются знаками препинания, обычно запятыми:

Меж тем регулировщица, став перед полуторкой, ругала Хижняка, несомненного виновника затора, к тому же не желавшего осаживать назад, за обочину, на арестную площадку, как она требовала. В. Богомолов, Момент истины.

Однако в некоторых художественных текстах встречается и обособление слов «к тому же»:

 К тому же, каждый день шел снег, и каждое утро приходилось, прежде чем приступить к самой работе, порядочно поработать лопатой. М. Пришвин, Серая Сова.

Среди значений прилагательного детский есть 'предназначенный для детей' (примеры сочетаний: Д-ая книга. Д-ая мебель. Д-ая одежда. Д. театр. Д-ая телепрограмма. Д-ая площадка), а среди значений прилагательного взрослый — 'предназначенный для взрослых' (примеры сочетаний: В. фильм, спектакль. В. билет. В-ые туфли). Соответственно, зубную пасту (и зубные пасты как сорта, разновидности этого вещества) тоже можно назвать детской или взрослой. Следует при этом заметить, что значение 'предназначенный для взрослых' у прилагательного взрослый сопровождается стилистической пометой разг., тогда как прилагательное детский ни в каком из значений таких помет не имеет.