Не существует какого-то отдельного специального правила, которое бы определяло, какие слова в названиях культов, сект, духовно-рыцарских  орденов, братств и пр. следует писать с прописной буквы, тем более если речь идет, как в Ваших вопросах, о названиях разного типа: с одной стороны, о реальных исторических наименованиях, а с другой — о вымышленных названиях в художественных произведениях.

В общем и целом можно руководствоваться правилом о написании названий учреждений, организаций, обществ, политических партий и объединений: в них с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные (ср.: Ливонский орден, Тевтонский орден, Мальтийский орден, орден Гроба Господня – здесь всё по правилу). Родовые наименования по общему правилу пишутся строчными. Но на орфографическое оформление конкретного названия могут влиять и употребление слова не в своем обычном значении, и традиция, связанная с названием: наименование, имеющее давнюю традицию употребления, может быть оформлено иначе, чем название, придуманное для современного художественного произведения в стиле фэнтези, например.

Написание рыцари Круглого стола зафиксировано академическим орфографическим словарем «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Этому не противоречит написание Рыцари Колумба, т. к. в данном случае Рыцари — первое слово в названии католического движения, к тому же здесь оно не в своем обычном «средневековом» значении.

Если говорить о написаниях типа орден Пылающей Розы / Пылающей розы, орден Черной Пантеры / Черной пантеры, то предпочтительно  по общему правилу писать орден Пылающей розы, орден Черной пантеры (ср.: Война Алой и Белой розы), но в художественных и стилистических целях, чтобы подчеркнуть образность названия, можно допустить и орден Пылающей Розы, орден Черной Пантеры. Однако в таких случаях, как культ Восставших из ада, где название состоит из нескольких слов, включая служебные, написание каждого слова с прописной будет совершенно неуместным.

1. Предложенная Вами пунктуация возможна.

2. Сочетание как есть в приведенных Вами предложениях является частицей и не требует обособления. 

Подобные нераспространенные обороты, стоящие в начале или в конце предложения, обычно не обособляются. Подробно о знаках препинания при оборотах с непервообразными предлогами можно прочесть в "Справочнике по пунктуации".

Корректно: Пётр Третий.

Приложения при именах собственных нужно выделить парными знаками, например запятыми: На фото: Петр Иванов, победитель конкурса «Ученые будущего», и Татьяна Петрова, серебряный призер в номинации «Ученый года».

Большой толковый словарь

Запятые не нужны. Не обособляется определительный оборот, стоящий перед определяемым словом.

Это фраза с прямой речью, ее следует оформить так: «Значит, спит крепко, — сладко зевнула молодая графиня и пропела спросонья: — Старый граф Залез на шкаф. Оттуда свалился И мёртвым притворился».