Второй вариант лучше.
В документах используется существительное мужского рода.
При адресовании документа должностному лицу инициалы ставятся перед фамилией, при адресовании физическому лицу - после нее. Подробно см. здесь.
Верно: от Ивана Иванова, входящего в топ-100 предпринимателей.
Тире не ставится, так как подлежащее выражено личным местоимением (он), а кроме того, между подлежащим и сказуемым (Андрей) есть частица (просто). В этом сложносочиненном предложении нужна запятая между частями: Иванов тут один, и он просто Андрей.
Инициалы лучше поставить перед фамилией: А. В. Иванов. В остальном все верно.
Бенефициар, по данным СМИ, Иванов В.В.
Нужно поставить пробел между инициалами, а также пробел между инициалами и фамилией.
Запятую принято ставить.