Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).

Сказуемое при подлежащем – количественно-именном сочетании (счетном обороте) может иметь как форму единственного, так и форму множественного числа. Ср.: Вошло семь человек погони... (Лесков). – Наутро пятьдесят семь выходцев подали заявления с просьбой принять в колхоз (Шолохов). Однако при обозначении меры веса, пространства, времени и т. д. употребляется форма единственного числа сказуемого, так как в этом случае имеется в виду единое целое, например: 75 км тепловых сетей было переложено.

К сожалению, смысл предложения не вполне понятен. Почему в однородном ряду оказались слова страна и область? О какой области идет речь? К чему относится в частности? Предположим, что к обороту к инфекции COVID-19, тогда запятую нужно перенести: ...проводится изучение популяционного иммунитета страны, в частности к инфекции COVID-19. Если речь и дет о проекте, который стартовал недавно, то логичнее в придаточной части поставить глагол в форму будущего времени (Был дан старт проекту, в рамках которого проведут изучение...) или отметить, что исследование началось (Был дан старт проекту, в рамках которого начато изучение...).

Предпочтительный вариант: необходимы. 

Если слова как формы выполняемых производственных услуг с элементами оптимизации имеют оттенок причинности, эти слова выделяются с двух сторон запятыми. Если же такого оттенка нет и как можно заменить на в качестве, запятые не требуются. См. «Правила», параграф 152, пункт 2.

Запятая нужна, потому что при противопоставлении ударение падает на первую часть союза, способствуя переходу его в соотносительное слово. См. параграф 118 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Верно: Вы поворачиваетесь к доске — и слышите тишину. Не потому, что все затаились в телефончиках. А потому, что внимательно слушают. Никто не просится в туалет. Никто не лезет под парту. Никто не срывает урок словами «А можно без контрольной?».

Ваш вариант оформления предложения верный. Чтобы показать, что слово произнесено не полностью, используется многоточие.

1. Уместнее всего оформить часть предложения как вставную конструкцию: При входе в палату к больным капельными инфекциями (а в периоды, неблагополучные по заболеваемости гриппом, — во все палаты) персонал обязан надевать одноразовые маски, закрывающие рот и нос. 2. Запятая в скобках поставлена верно: часть, начинающаяся после союза и, сообщает о том, что последует из ситуации, названной в предыдущей части, а к союзу и может быть добавлен соответствующий конкретизатор, например и тогда.

Спасибо за теплые слова!

Частица то с предшествующим словом пишется через дефис. А перед союзом то дефис не ставится. В первом из приведенных Вами предложений то – союз, поэтому дефис не нужен. Во втором предложении то – частица, дефис поставлен правильно.