Возможны оба варианта. Конструкции первого типа более распространены.
Числительное девяносто имеет только две формы: девяносто в именительном и винительном падежах и девяноста во всех остальных падежах. Подробнее о склонении числительных в «Письмовнике».
Пунктуация зависит от смысла. Если слова по сути употребляются в значении по сути говоря, то они являются вводными, запятая нужна: По сути, это капитуляция. Но они могут являться и членом предложения, например: По форме это победа, а по сути это капитуляция. В таком случае запятая не нужна.
Верно: предоставить отпуск на четверо суток.
Зависит от строя предложения, но чаще всего слова по своей сути не требуют обособления.
Выражение доброго времени суток иногда встречается в электронной переписке, когда пишущему неизвестно точное время получения сообщения адресатом. Однако эта фраза не относится к принятым формам речевого этикета и не соответствует этикетным нормам приветствия в русском языке. Лучше использовать универсальное приветствие добрый день.
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: две вкусные халвы. Но и вариант две вкусных халвы возможен, это не ошибка.
