Слово уважаемый входит в состав обращения, запятая после него не ставится, а ставится после всего обращения: Уважаемый Иван Петрович, прошу Вас...

Запятая после уважаемый  возможна, если одно это слово и составляет обращение (обычно фамильярное), например: Уважаемый, вы куда это собрались?

Если адресат поздравления — группа лиц, правильно только с маленькой буквы. Если же адресат — один человек и Вы хотите подчеркнуть уважительное обращение к нему, рекомендуется написать Вас с большой буквы. Но окончательное решение в этом случае остается за Вами.

1. По правилам названия отделов, не являющихся собственными именами, пишутся со строчной буквы. Ср.: отдел кадров, сектор учета, ученый совет, художествен­ный совет, факультет журналистики, кафедра иностранных языков, сектор диалектологии, группа по контролю электронной системы. Сочетание научно-исследовательский институт в составе индивидуального названия института принято писать с заглавной буквы, например: Институт лингвистики. Отметим, что в официально-деловой речи названия крупных отделов различных учреждений часто пишут с прописной буквы, однако пока эта тенденция в правилах не отражена.

2. Сокращенные названия кафедр в кавычки заключать не нужно.

Наличие формы в И объясняется следующим. Город Санкт-Петербург был основан как крепость Санктпитербурх (в честь святого Петра, небесного покровителя императора). Название было дано Петром I. Среди вариантов, встречающихся в письмах Петра Великого: Санктъпетерсъбурк (1703), Санктпитербурх (1703), Питербурх (1706), Санктпетерзбурк (1710); позже преобладают варианты с -Питер-: Санкт-ПитерБург (1714), Санктъ Питербурх (1720). В газете «Ведомости» чаще упоминается в форме Санктъпитербурх, и только с июля 1724 г. вместо Питер- начинают постоянно печатать Петер-. Очевидно, от форм с И и было образовано сокращенное Питер.

Наличие формы в И объясняется следующим. Город Санкт-Петербург был основан как крепость Санктпитербурх (в честь святого Петра, небесного покровителя императора). Название было дано Петром I. Среди вариантов, встречающихся в письмах Петра Великого: Санктъпетерсъбурк (1703), Санктпитербурх (1703), Питербурх (1706), Санктпетерзбурк (1710); позже преобладают варианты с -Питер-: Санкт-ПитерБург (1714), Санктъ Питербурх (1720). В газете «Ведомости» чаще упоминается в форме Санктъпитербурх, и только с июля 1724 г. вместо Питер- начинают постоянно печатать Петер-. Очевидно, от форм с И и было образовано сокращенное Питер.

Вы правы. Это обращение к неопределенному множеству лиц, местоимение вас следует в данном случае писать строчными.  Написание Вы, Ваш с прописной уместно разве что в закрытых разделах веб-сайтов, которые подразумевают индивидуальное использование их каждым конкретным посетителем (регистрационная форма, личный кабинет пользователя и др.).

В данном случае возможен и вариант с запятой, и с тире. Если по контексту уже ясно, что героя, которому принадлежит реплика, зовут Андрей, то лучше поставить запятую. Если это еще неизвестно, то лучше поставить тире (так читатель не подумает, что Андрей — это обращение).

Дело в том, что запятая в подобных предложениях нередко воспринимается как знак, предшествующий обращению (особенно во фразе "Внимание, дети!" - выглядит как обращение к детям, хотя в действительности это не так). Поэтому предпочтительнее постановка двоеточия как знака, разделяющего части сложного бессоюзного предложения.

Независимо от того, какому числу адресатов рассылается письмо, обратите внимание на обращение в начале документа. Если, например, "Уважаемый коллега" - то Вы с большой буквы; если "Уважаемые коллеги" - то вы с маленькой. Т. е. даже при массовой рассылке можно сохранить "персонифицированное" отношение к адресату.