Нужно смотреть по контексту, но чаще пишется без запятой: Директор Иванов Иван Иванович.
Сочетание в том числе синонимично предлогу включая (см. «Большой универсальный словарь русского языка») и выражает тот же смысл, что и имеющееся в предложении причастие включающая. Рекомендуем убрать сочетание в том числе из текста.
Верно: Вы молодец, Иван Иванович.
Оба варианта возможны, а выбор одного из них зависит от контекста и традиций оформления, принятых, в частности, в организации. Вариант Награждается Иван Иванов предпочтителен, поскольку адресован конкретному лицу. Официальный вариант Иванов Иван используется в документах и прочих деловых бумагах, поскольку в них именно фамилия человека есть самое важное звено в его имени.
Фамилия Шамшура склоняется. Правильно: выдан Шамшуре О. П.
Оба варианта корректны.
Ваш вариант переноса корректен. В правилах рекомендуется учитывать только границы приставки и последующей части слова. Так, нежелателен (хотя и допустим) перенос: разб-росать, пос-тричь.
Уменьшительные формы имен могут образовываться разными способами, единого правила нет. Выбирайте тот вариант, который Вам по душе.
