Литературная норма требует склонять русское название в сочетании с родовым словом город: в городе Удачном.
В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
Рекомендуем использовать вариант Репутация в Fallout, чтобы избежать двусмысленности.
Правильно: на Москве-реке. См. в Горячей десятке вопросов.
Верно: в городе Орле.
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
Правильно: в Краснодаре, в Воронеже.
Правильно: в Москве и (в официально-деловой речи) в городе Москве.
Верно: в городе Перевозе.