Эта корпорация сокращенно называется Роснанотех или ГК "Роснанотех". Именно такого написания и следует придерживаться. Это название может употребляться как существительное мужского и женского рода.

Уместнее использовать выражение «От городского округа...». 

Если ЭЛЛА — это аббревиатура, то склонять ее не следует. Ср.: Он служил в РККА (Рабоче-крестьянской Красной армии).

Возможные варианты: миссис П., миссис Пэ.

Точка ставится после закрывающей кавычки. Обратите внимание, что в предложении, предваряющем цитату, нужно закрыть причастный оборот: 1. Изложить пункт 4 Инструкции _____, утвержденной приказом № ____ от ____, в следующей редакции: «Назначить начальника отдела правового обеспечения управления по правовым вопросам Иванову И. И., а в ее отсутствие — ведущего юрисконсульта отдела правового обеспечения управления по правовым вопросам Сидорову С. С. лицами, ответственными за проведение инструктажа в обществе».

Вы задаете непростой вопрос. Действительно, со слова например начинается пояснительный оборот. Вводные слова, стоящие в начале обособленного оборота, от самого оборота запятой не отделяются, чтобы читателю было понятно, что вводное слово относится именно к обороту, а не к предшествующему тексту. Но в Вашем примере сам оборот графически оформлен как самостоятельное предложение (такое явление называется парцелляцией). Подобные ситуации в справочниках по пунктуации не описаны. При этом указано, что, выделяя оборот скобками (т. е. более сильным знаком), запятую после вводного слова ставить нужно (например, как здесь). Полагаем, что после точки, как и после скобки, обособление вводного слова предпочтительно. 

В академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина пункт о постановке точки с запятой между однородными членами предложения уже выведен из раздела об однородных членах с обобщающими словами. В этом справочнике сказано: Между однородными членами предложения (или их группами) может ставиться точка с запятой: 1) если в их состав включаются вводные слова; 2) если однородные члены распространены (имеют зависимые слова или относящиеся к ним придаточные части предложений). Таким образом, мы делаем вывод, что при данных условиях точка с запятой может использоваться в том числе и в предложениях, где обобщающее слово стоит после однородных членов.