Корректно слитное написание, т. к. здесь утверждается отрицательный признак: непонятны – темны, неясны. Обратите внимание: приведенная Вами фраза тяжеловесна, соответствует канцелярскому стилю, поэтому предложение желательно перестроить (например: задает вопросы о том, что ему непонятно).
Часть официального названия, начинающуюся со слова Оренбургский, необходимо заключить в кавычки. Склонять ее не нужно. Ср.: учиться в ГБОУ ВПО «Российский государственный гуманитарный университет».
Нет, употребление деепричастного оборота здесь некорректно (т. к. в безличном предложении указан носитель состояния). Надо перестроить предложение. Например: Глядя на них, он захотел пить.
Запятая поставлена правильно.
Предпочтительно: ...лишь благодаря своему уму и упорству.
Запятая в этом предложении не нужна.
Здесь пишется частица не.
Запятая нужна: Она была готова помогать ему, чем могла.
Да, Вы написали верно. Подробнее о пунктуации в конструкциях с составными союзами Вы можете прочесть в "Справочнике по пунктуации".
