Согласно правилам, оба названия склоняются: в г. Нижнем Тагиле, в г. Каменске-Уральском_ (первая часть тоже склоняется). Подробнее см. в «Письмовнике».

Название Грамота мы заключаем в кавычки только в сочетании со словом портал: портал "Грамота.ру". Рейтинг Рунета — название специального проекта, поэтому первое слово в нем пишется с прописной. Именование Рунет пишется с прописной буквы. 

В этом предложении двоеточие стоит перед однородными членами предложения уважение, милосердие и сострадание после обобщающего слова всё. Бессоюзной связи частей сложного предложения в этой фразе нет.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Часть на условиях договора, контракта, лицензионного соглашения с производителями информации относится только к документам, размещенным на внешних технических средствах, получаемым библиотекой во временное пользование через информационно-телекоммуникационные сети. В противном случае предложение было бы построено иначе. 

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

Здесь нет никаких оснований для постановки запятых. Правильно без них.

Есть так называемая счетная форма существительных (особая форма множественного числа, которая используется с числительными при указании точного количества). В счетной форме возможно: грамм и граммов, в то время как вне сочетаний с количественным числительным – только граммов. Правильно: 357 грамм и 357 граммов (но: не хватает нескольких граммов, здесь нельзя использовать форму грамм).

Нет, здесь другое правило. Буква о пишется в суффиксе имен существительных -онк-: книжонка, ручонка, рубашонка, распашонка.