Предлог ко обязателен в выражении (не) ко времени ‘в срок, вовремя’. В остальных контекстах возможны оба варианта (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 2014. С. 70).
Составные числительные, заканчивающиеся на два, три, четыре, в именительном-винительном падеже не сочетаются с существительными, имеющими формы только множественного числа. Придется перестроить предложение, например, так: есть ворота в количестве 62 (шестидесяти двух) штук. Подробнее о проблеме сочетаемости можно прочитать в «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (§ 166, п. 3).
На указанном месте между частями сложносочиненного предложения нужен знак препинания — запятая (по общему правилу) или тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).
Указанная запятая нужна, так как причастный оборот утвержденные приказом РЭК от 24.04.2009 относится только к слову индексы.
В приведенном отрывке запятые не нужны.
Правильно: 25 % от суммы.
Тире поставить можно, а вот оборот "сумма товара" некорректен.
