Предпочтителен первый вариант (вещь).

Корректно: передает в собственность одаряемому.

Возможно - вводное слово, в обоих случаях обособляется.

Администрация ТОО «_» просит Вас согласовать список работников для прохождения медицинского осмотра в городской поликлинике № 2.

Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.

В этом предложении обособление имени и фамилии возможно, если автор хочет придать им оттенок уточнения или пояснения.

Корректно: Уведомляем Вас, что в случае отсутствия ответа на вышеуказанные письма с приложением подписанного со стороны ООО «Рога и копыта» акта решение вопроса о начислении штрафов будет инициировано в судебном порядке.

Такое употребление возможно, хотя, как Вы справедливо замечаете, более характерно для устной, разговорной речи.

Местоимение Вы пишется с большой буквы при обращении к одному лицу в личных письмах, служебных записках, заявлениях и т. п. официальных документах, адресованных конкретному лицу, – то есть в тех случаях, когда адресат один. Обращение к посетителям сайта нельзя считать обращением к одному лицу (даже несмотря на то что конкретный пользователь просматривает сайт в одиночку), это обращение к неопределенному кругу лиц, поэтому вы в этом случае следует писать с маленькой буквы.

Вы правы. Подробно см. в "Письмовнике".