Поскольку в предложении всё же есть определяемое существительное лестница, прилагательное единственной и причастный оборот сохранившейся со времени постройки собора не теряют функцию определений. Однако запятая между ними не требуется, так как определение единственной относится не непосредственно к существительному лестницы, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию сохранившейся со времени постройки собора [лестницы]. Случай в целом аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Ваши предположения верны: после слова третьего нужно поставить запятую. Названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., относятся к уточняющим обстоятельствам, см. параграф 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Здесь нужно тире вместо дефиса в соответствии с правилами координации: приложение инвалиды по слуху, относящиеся к существительному дети, неоднословное, см. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (раздел «Орфография»). При однословном приложении ставится дефис: дети-инвалиды, но дети — инвалиды по слуху.

Сочетание в том числе имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ, а потому его употребление рядом с предлогом включая будет стилистической ошибкой — плеоназмом. Если нет задачи передать чью-то речь буквально, со всеми погрешностями, то сочетание в том числе нужно убрать из предложения. Если редактирование предложения по каким-либо причинам невозможно, в том числе лучше обособить как присоединительный оборот, носящий характер попутного замечания.

Пожалуй, возможно мнемоническое правило о стилистической окраске глаголов, включающих компоненты класть и ложить: ложат только с приставками, а кладут без приставок. С помощью орфографического академического ресурса «Академос» несложно удостовериться в том, что правило работает. Так, по запросу *ложить выдаются только приставочные глаголы, и все они не имеют сниженной стилистической окраски (вложить(ся), возложить, выложить(ся) и т. д.); по запросу *класть выдаются глаголы без стилистической пометы класть, накласть, прозакласть и глаголы с пометой сниж. закласть и покласть. При этом очевидно, что глагол накласть находится на стилистической шкале ниже отметки «нейтральное», но не так низко, как закласть и покласть, и это отмечается толковыми словарями, в которых стилистическая характеристика дается более дифференцированно, чем в орфографических источниках (см., например, накласть). Глагол же прозакласть практически не употребляется. Таким образом, из глаголов с компонентом класть стилистически безупречен лишь бесприставочный класть. Но предложенное мнемоническое правило ограничено названными в нем глаголами, оно не охватывает слова с корнем -клад-: многие из них, такие как уклад, приклад, расклад, склад, складировать и др., стилистически нейтральны.

О мнемонических правилах можно прочитать здесь. 

Подобные конструкции допускают двоякое прочтение. Считать ли сочетание в разделе таком-то уточняющим обстоятельством к сочетанию на сайте (которое само по себе достаточно конкретно), зависит от решения автора. См. также ответ на вопрос 311880.

Запятая нужна. В первом предложении это запятая после обстоятельства теперь перед придаточной частью, присоединенной одиночным союзом когда. Во втором предложении это запятая после сочинительного союза однако и перед подчинительным союзом как только в начале предложения: в таких случаях запятая «обычно ставится» (пункт 4 параграфа 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Специальных правил пунктуационного оформления предложений, в которых сказуемое заменяется на нет или не очень, в справочниках не приводится. Тире представляется уместным, поскольку оно сигнализирует о своеобразной неполноте предложения, в котором сказуемое формально есть, но выражено словом-заместителем (сравним: не уверен, не очень уверен). Кроме того, тире подчеркивает параллелизм строения предложений, между которыми сопоставительные отношения: вы уверены, а я — нет. Вообще параллелизм строения предложений часто коррелирует с их неполнотой и способствует постановке тире в них; см. об этом параграфы 6.1 и 6.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. 

В этом сочетании подчинительный союз если не соединяет однородные члены предложения. В таких случаях запятая ставится только перед союзом (см. параграф 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Десятки, если не сотни воинов и их храбрый командир.

Глаголы, обозначающие мимику, жесты, движения, могут использоваться в функции слов, вводящих прямую речь. Сравним примеры, приведенные в п. 1 параграфа 47.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.