Пунктуация зависит от значения и роли слова так. Если так используется в значении "например, к примеру сказать" и является вводным словом, запятая нужна. Если это не вводное слово, не нужна.
Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).
Варианты Ты, что, заболел? и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными.
См. «Справочник по пунктуации».
В данном случае слово вообще используется в значении «вообще говоря» и является вводным. Пунктуация верна.
Подробнее об обособлении слова вообще см. в «Справочнике по пунктуации».
Слово так может быть вводным. См. «Справочник по пунктуации».
Воспользуйтесь, пожалуйста, «Справочником по пунктуации».
Слова в том числе не являются вводными. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
В ЦЕЛОМ, наречие
Не требует постановки знаков препинания.
Правда, у Госбанка сейчас появились свои бандиты, так что ситуация чуть сложнее, но в целом картина не изменилась. В. Пелевин, Generation «П». Ну, а вообще как тебе это всё... ну весь обряд в целом? А. Вампилов, Прощание в июне.
См. в "Справочнике по пунктуации".
Это вводное слово, обособляется: Значит, так!
