Название гриба вешенка является общепринятым, поэтому кавычками не выделяется. Слово вешенка должно согласовываться с определяемым словом гриб: грибом вешенкой, о грибе вешенке. Ср. дерево береза, на дереве березе.
Строго говоря, гриб – грибы нельзя назвать разными словами (это одно слово, представленное разными словоформами). Грибы – форма множественного числа слова гриб.