Корректно: Петропавловский собор. Правило, о котором Вы пишете, к сожалению не вполне отражает закономерности, действующие в области написания сложных прилагательных. Уточненные правила можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря», см. параграфы 47–51.
Фундаментальная "Православная энциклопедия" фиксирует вариант с запятой.
Эта фамилия склоняется (и мужская, и женская).
Варианты двускатный и двухскатный равноправны.
Трехэтажное здание – правильно.
Доказать можно, сославшись на словари, где зафиксировано именно такое значение этого сочетания.
Верно: грушевое дерево и груша.
В этом предложении запятые не нужны: На территории храма в дневное время трудится 5-6 человек.
Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.
