Вот выдержка из "Справочника русской орфографии и пунктуации" под ред. В. В. Лопатина.
Вопросительно-восклицательные слова (частицы или их сочетания) что, что ли, ну как, что же, как же, ну, а, да ну, надо же выделяются запятыми внутри предложения или отделяются запятой, если стоят в начале предложения: — Сыночек, что, шибко он его зашиб-то? (Шукш.); — Что, хороша? — громко крикнула охрипшим голосом Маргарита Николаевна (Булг.); — Ну что ж, входите, раз звонили! — сказала девица (Булг.); Ну как, решил задачу?
А в справочнике Д. Э. Розенталя говорится следующее.
Слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, и слова как, как же, что же, выражающие удивление, подтверждение, согласие и т. п., за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза), отделяются запятой...
Ты что же, не идешь с нами?
По структуре это простое предложение.
Запятая ставится только после "что".
Предпочтительно раздельное написание.
Наш вариант очень похож на Ваш: ...Сигареты? Нет. – Что значит "Сигареты? Нет"?
Верная пунктуация: Ты что же, в искусстве разбираешься? Ты что, навещал ее?
Первый вариант передает смысл вернее всего и не противоречит правилам пунктуации.
Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).
Варианты Ты, что, заболел? и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными.
Запятая нужна. Верно: Ты что, заболел?
Корректно: Ты что, забыл, где ты живешь? Ты что – забыл, где ты живешь?
В таких предложениях ставятся запятые: Ты что, сумасшедший? Вы что, больны? Ты что, самый умный?
