Корректная пунктуация: Пользуясь случаем, хотелось бы поблагодарить за профессионализм и эффективное взаимодействие в рамках проекта заказчика — ОАО «Ромашка», а также перевозчиков — ОАО «Лютик» и АО «Василек».
Оба варианта возможны.
Правильно: Данилу (от Данил) и Даниле (от Данила).
В обоих случаях нет ошибки.
Название университета склоняется: в Карловом университете.
Корректно: во Власихе.
Толковый словарь под редакцией Д. Н. Ушакова издавался с 1935 по 1940 гг. Он отражает орфографию до принятия «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 г. Современное написание: в силу.
Знаки препинания расставлены верно.