Выделение корня в слове подвергнуть зависит от научного подхода к свободным и связанным корням.

Свободными называются корни, которые могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов. Свободные корни совпадают с непроизводной основой слова. Например, свободными являются корни окн-, бег-, прав-; они встречаются как в сопровождении аффиксов в составе производных основ (подоконник, побег, направо), так и сами по себе в составе непроизводной основы (окно, бег, правый).

Корни, которые не могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов, называются связанными. Например, связанными являются корни ул-, изол-, слад-; они встречаются только в сочетании со словообразовательными аффиксами (уличный, улица, переулок; изоляция, изолировать, изоляционный; сладость, сладкий, услада).

В слове подвергнуть корень является связанным. А. Н. Тихонов считает слова со связанными корнями непроизводными, так как они, в отличие от свободных корней, не имеют производящих, несмотря на наличие словообразовательных аффиксов. Соответственно, по А. Н. Тихонову, слово подвергнуть является непроизводным и имеет корень подверг-.

Возможность вычленения связанных корней была обоснована Е. А. Земской, по мнению которой связанный корень выделяется в тех случаях, когда слово с таким корнем входит в двойные ряды соотношений: в ряд слов с тем же корнем и в ряд слов с тем же аффиксом. Если пользоваться этим критерием, в слове подвергнуть вычленяется корень верг-.

Это тот самый случай. Тесно связанным со сказуемым может быть не только одиночное деепричастие, но и деепричастный оборот, составляющий смысловой центр высказывания. Сравним приведенные в примечании 1 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя примеры типа Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь (М.Г.).

Для выделения морфем в слове нужно последовательно выполнить формо- и словообразовательный анализ. У вас возникли трудности на словообразовательном этапе, поэтому сначала мы уточним, что́ стоит за процедурой анализа состава слова, которое образовано с помощью словообразовательных морфем (морфологическим способом). Необходимо установить:

1) к каким частям речи относятся производящее и производное слово;

2) выделить в производном и производящем слове основы, сравнить их, а затем выделить в производной основе словообразовательную морфему или морфемы, которые отличают производную основу от производящей;

3) определить словообразовательное значение (обобщенное значение ряда производных слов с другими корнями, образованных таким же способом, то есть с помощью той же морфемы или морфем).

Если производящая основа сама является производной, второй этап может повторяться несколько раз. Например, в слове остановка, которое вы анализировали, производящая основа останов- является производной: в ней выделяется приставка о-. Следует отметить, что с выделением этой приставки все не так просто: существует точка зрения, что ее не надо выделять, поскольку мы не можем подобрать слово без этой приставки, которое было бы производящим для глагола остановить. Однако большинство исследователей выделяют приставку, так как считают корень связанным (связанные корни — это корни, которые не употребляются без словообразовательных морфем, в данном случае — приставок); этот корень также выделяется в глаголах установить, восстановить. Словообразовательное значение, которое создается за счет приставок, тоже вполне очевидно: это приставки со значением совершенного вида, которые показывают, что в приставочном производном глаголе действие доведено до результата (см. примеры для этих словообразовательных моделей в «Русской грамматике» (1980, § 1395): слепить ← ослепить, регулировать ← урегулировать, препятствовать ← воспрепятствовать и др.).

Итак, мы понимаем, на каком основании можно выделить приставку о-. А вот оснований для выделения каких-либо суффиксов в производящей основе нет, потому что мы не можем определить словообразовательное значение элемента -ов и не можем подобрать слова с другими корнями, включающими этот элемент с каким-либо очевидным словообразовательным значением.

Давайте для сравнения рассмотрим причины, которые нам позволяют выделить суффикс -к- в производном слове остановка.

Суффикс -к- — это суффикс, с помощью которого образуются существительные от других существительных, глаголов, прилагательных, а в некоторых случаях и от других частей речи.

Например: грузинка ← грузин; горка ← гора; картонка ← картон; одиночка ← одинокий; караулка ← караульная; сотка ← сто и др. В каждом из примеров своя словообразовательная модель, так как производящие слова относятся к разным частям речи, а суффикс -к- в каждом случае имеет свое словообразовательное значение (грузинка — значение 'женскости', горка — уменьшительное значение и т. д.). Это не один суффикс -к-, а разные суффиксы-омонимы. Мы не можем выделить суффикс -к- в слове остановка потому, что он выделяется, например, в словах грузинка или горка, так как, во-первых, оно образовано от другой части речи, а во-вторых, при образовании слова остановка суффикс -к- приносит в производное слово совсем другое значение. При образовании существительных от глаголов при помощи суффикса -к- образуются существительные со значением производящего глагола (значение действия, состояния), которое совмещается со значением существительного как части речи (значение предметности). Такое же значение имеет суффикс -к- в словах с другими корнями, образованными по этой словообразовательной модели: плавка ← плавить; стрижка ← стричь; чистка ← чистить и т. п. При этом во всех случаях происходит усечение производящей глагольной основы — исчезает суффикс -и-.

Усечение глагольной основы — регулярное явление при образовании отглагольных существительных, но возможны и более сложные процессы: в словообразовательных парах подстановка ← подставить; перестановка ← переставить; расстановка ← расставить и т. п. происходит, по терминологии «Русской грамматики» (1980, § 262), «мена конечных отрезков корня |в'- нов|». Иначе говоря, корень -став- в производящих глаголах и корень -станов- в производных существительных являются вариантами (алломорфами) одного корня.

Этот же корень (-станов-) выделяется в производящем глаголе остановить и в производном от него слове остановка.

Корень также обнаруживается в глаголе становить — просторечном синониме глагола ставить (подробнее об этом глаголе см. словарную статью глагола ставить в издании В. Н. Вакуров, Л. И. Рахманова, И. В. Толстой, Н. И. Формановская «Трудности русского языка: словарь-справочник»). Кроме того, этимологические словари указывают, что глагол восстановить был образован от глагола становить (ранее нормативный), а следовательно, глаголы остановить и установить, не зафиксированные этимологическими словарями, образовались таким же способом.

Поэтому в слове остановка выделяется корень -станов-: о-станов-к-а.

В слове обувь корень -у-. Проблемы с корнями такого типа возникают потому, что эти корни являются связанными, то есть не употребляются без словообразовательных аффиксов. Ряд лингвистов не считает связанные корни полноценными корневыми морфемами, для них даже предложен отдельный термин — радиксоиды. Термин не является общепринятым, в словах со связанными корнями обычно выделяют просто корень на основе анализа пар типа  обуть — разуть (свергнуть — отвергнуть, добавить — отбавить и т. п.).  
Возможен подход, при котором в слове обувь корнем считается все слово, так как нет пары *розувь. В этом случае говорят об опрощении и считают, что этимологический корень -у- сливается с приставкой об- и с непродуктивным суффиксом -вь. Если выделять корень исключительно на основе словообразовательного анализа, в этом есть своя логика. Но если анализировать морфемный состав слова, основываясь не только на поиске производящего и производного, появится достаточно много аргументов для выделение корня -у-. Например, морфемное членение по аналогии (так мы выделим -у- в обувь, потому что есть однокоренное слово об-у-ть).

Также есть отдельная проблема соотнесения производности и членимости: давно известно, что слово может быть членимым, но это невозможно объяснить с помощью очевидных словообразовательных процессов. Одним из противоречивых случаев соотношения производности и членимости являются слова со связанными корнями. Понятие "связанности" было предложено известным российским лингвистом Г. О. Винокуром, который в качестве одного из примеров этого явления как раз и приводил слово обувь со связанным корнем -у-.

Сочетание в дальнейшем играет роль обстоятельства времени (отвечает на вопрос когда?) и не требует обособления.

Трудности употребления причастий и причастных оборотов обычно связаны: а) с выбором нужной формы причастия; б) с местом причастия или причастного оборота в предложении; в) с возможностью (или невозможностью) замены причастного оборота придаточным предложением и, наоборот, замены придаточного предложения причастным оборотом. Рассмотрим эти случаи.

1. Должны заменяться придаточными определительными предложениями обороты, включающие неправильные формы причастий. Нельзя: Организации, первыми заасфальтирующие подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома. Следует: Организации, которые первыми асфальтируют подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома.

2. К числу ошибок, связанных с выбором формы причастия, относятся ошибки в согласовании причастий. Не правильно, например: К числу лиц, подозреваемому в угоне автомашины, следует отнести гр. Сергеева И.М., ..., (причастие связано со словом к числу, что неправильно: подозреваться могут лица, т.е. люди, а не число. Следовало поставить вопрос: К числу лиц — каких? — и нужная форма причастия подозреваемых была бы сразу найдена). Неправильно также: По поручению месткома я связался с т. Громовым (находящийся сейчас в отпуске) и передал ему запрос. Подобный отказ от согласования причастия со словом, которому оно подчиняется, делает фразу нелитературной. Следовало сказать: ...я связался с т. Громовым, находящимся сейчас в отпуске....

3. Причиной стилистических ошибок иногда служит невнимание к грамматическим свойствам причастия — категории времени, вида, залога и связанным с ними оттенкам значения.

Неправильный выбор причастных форм можно наблюдать в следующих, например, предложениях: Монтаж турбины был выполнен на три недели ранее намечаемых планом сроков (следует: намеченных планом сроков); За книги, возвращающиеся в библиотеку в плохом состоянии, читатели несут материальную ответственность (следует: возвращаемые в библиотеку).

4. Причастный оборот, т.е. причастие с относящимися к нему словами, может находиться как перед определяемым словом, так и после него. Например: прочитанная мною книга и книга, прочитанная мною.

Грубым нарушением литературной нормы является такой, например, отрыв причастного оборота от определяемого слова: выполненный план заводом; сданный экзамен учеником.

Изменение места причастного оборота может быть вызвано стремлением избежать двузначности фразы. Предложение Все ждали выступления представителя завкома, присутствовавшего на собрании нуждается в правке, так как неясно, присутствовал на собрании весь завком или только один его представитель. Правильно: Все ждали выступления присутствовавшего на собрании представителя завкома.

5. Замена придаточного определительного предложения причастным оборотом целесообразна в следующих случаях:

а) при необходимости избежать повторения союзного слова, чаще всего слова который, в цепочке придаточных. Неудачно, например: В приказе директора завода, который был зачитан на общем собрании, изложены факты, которые взволновали многих. Замена одного или даже обоих придаточных вполне уместна. Например: В приказе директора завода, зачитанном на общем собрании, изложены факты, взволновавшие многих;

б) при необходимости устранить двусмысленность фразы, возникающую в том случае, когда союзное слово может быть соотнесено с двумя или несколькими предшествующими ему словами. Неудачно: В приказе начальника управления, который уже давно известен администрации фабрики, говорится... (неясно, давно известен приказ или начальник управления). Следует сказать: В приказе начальника управления, уже давно известном администрации фабрики, говорится....

6. Замена причастного оборота придаточным предложением целесообразна при необходимости избежать повторения однотипных причастий, особенно с суффиксами -ущ-, -ащ-, -ш-, -вш- (фраза может стать весьма неблагозвучной).

Использование придаточных определительных предложений становится единственным средством, если нужные по условиям контекста причастные формы не образуются вообще или являются неправильными.

7. Не соответствуют литературной норме и подлежат правке предложения, в которых причастные обороты и определительные придаточные предложения сочетаются как однородные составные части. Неправильно, например; Студенты, успешно сдавшие экзаменационную сессию, которые решили поехать в спортивно-оздоровительный лагерь, должны получить направление на кафедре физвоспитания. Варианты исправления: 1) студенты, которые успешно сдали сессию и решили поехать...; 2) студенты, сдавшие сессию и решившие поехать... .

Слово когда относится к обеим грамматическим основам, связанным союзом и. Соответственно, запятая не нужна.

Лягушка-путешественница — это сочетание существительного с приложением, связанным с ним подчинительной связью согласование. Словосочетание определяется как «соединение двух самостоятельных слов, связанных подчинительной связью», и лягушка-путешественница подходит под это определение.

В качестве заголовка произведения может использоваться слово («Дым»), словоформа с предлогом («На дне»), словосочетание («Капитанская дочка»), предложение («Не в свои сани не садись»).

Изолированно часть СССР – он мой можно понять как конструкцию с именительным темы, тесно связанным с основным предложением. Однако такое понимание было бы верно, если бы в двух частях содержалось противопоставление типа: СССР – он не чужой, СССР – он мой; сравним пример из справочника: Дорога в дождь – она не сладость, дорога в дождь – она беда (Евт.). Однако в приведенном Вами предложении речь идет про род аббревиатуры СССР. 

В учебнике по русскому языку, издававшемся в СССР, говорится: «Имена существительные, к которым можно поставить слова мой, он, – мужского рода» (Закожурникова М. Л., Костенко Ф. Д., Рождественский Н. С. Русский язык : Учебник для второго класса. М., 1970. С. 135). Таким образом, слова он, мой в приведенном предложении могут быть цитатой из учебника, хотя и неточной; очевидно, именно в таком виде ее запомнил автор. В этом случае слова нужно заключить в кавычки. Тире, причем в обеих частях, уместно, так как в предложении подчеркивается противопоставление. Рекомендуем: СССР – не среднего рода, СССР – «он, мой».

Да, подчинительный союз если относится к обеим частям, связанным сочинительным (разделительным) союзом или. Запятая не нужна.