В значении "после окончания" верно: по окончании.
Правильный перенос: програм-мный. Одно из основных правил переноса: разбиваются переносом удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса. Другие допустимые переносы: прог-раммный, про-граммный. Слово программа может быть перенесено такими способами: про-грамма, прог-рамма, програм-ма.
Выбор варианта зависит от смысла. Если имеются в виду выпускники программы, то верен первый вариант. Если подготовка по программе, то второй.
Правильно: во исполнение программы сделать что-либо (=сделать для исполнения). Но: в исполнение программы верится с трудом.
Следует писать раздельно.
Корректно.
Лучше добавить слово документ: Утвержденный документ «Программа и методики испытаний».