Верен второй вариант.
В официальных документах (а приведенное высказывание явно относится к официально-деловому стилю) название должности выполняет функцию приложения к имени собственному, а имя собственное, будучи определяемым словом, не нуждается в обособлении.
Заметим, что имя собственное может выступать в роли приложения, если имеет поясняющий характер, является попутным замечанием, но такое бывает, как правило, в художественной речи — сравним примеры из справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Дочь Дарьи Михайловны, Наталья Алексеевна, с первого взгляда могла не понравиться (Т.); Отец мой, Клим Торсуев, известный мыловар, был человек тяжёлого характера (М.Г.) и т. п.
Здесь требуется тире, которое используется для обособления распространенного инфинитивного определения, стоящего в конце предложения и относящегося к существительному, которое имеет при себе другое определение. См. § 60 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Всё зависит от того, к какому слову относится определение удовлетворяющий. Вероятно, это всё-таки слово объем: Подготовить план по выходу на объем производства (какой?), удовлетворяющий... Обратите внимание на лексическую ошибку в сочетании удовлетворяющий выполнение программы: нельзя удовлетворять выполнение.
После проведения = по проведении. Но лучше: после орошения.
Знаки препинания расставлены верно.
В связи с утерей просим повторно подготовить и выдать копии документов по нижеперечисленным объектам...
Правильно: заведующий терапевтическим отделением, вуз подготовил специалистов.
