Запятая не требуется.
Предпочтительно: направить запрос, будет направлен запрос.
Запятая не нужна. Деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием).
Предлог по в значении «после чего-либо» управляет предложным падежом: по получении (после получения), по завершении, по окончании, по приезде и т. д.
Можно и без "периода", так будет понятнее.
Название в кавычках не склоняется. Правильно: главному врачу ГБУЗ «Самарская городская больница», направлен в ГБУЗ «Самарская городская больница». Ср.: художественному руководителю театра «Современник» (не *театра «Современника»).
Корректно: В связи с истечением срока, повторно прошу проинформировать думу города, был ли администрацией города направлен ответ заявителю, и предоставить копию ответа.
Лучше: на ваш адрес.
Не видим подвоха.
Второй вариант корректен.