Возможны оба варианта.
Корректно: Обозначай/выделяй/подчеркивай (выбор слова зависит от того, какое именно действие подразумевается) ручкой с зелеными чернилами.
Запятые здесь ставить не нужно.
Да, верно: со щукой.
Ошибки нет. См. пахнуть
Большой универсальный словарь русского языка
ПА́ХНУТЬ
1.0.2. безл. О наличии какого-л. запаха. Син. <разить разг.>.
Где-л. (напр., в комнате, в саду, на кухне …) или от кого-чего-л. (напр., от мальчика, от платья …) пахнет духами (розами, мятой, рыбой, бензином, чесноком, луком, краской, потом, газом, гарью, горелым, палёным, дымом, лекарствами, сыростью, плесенью, псиной, мышами …). Где-л. или от кого-чего-л. [не]хорошо ([не]приятно, плохо, дурно, скверно, ужасно, отвратительно, сильно, резко, слабо, немного, чуть-чуть разг., сладко, вкусно …).
По правилам тире ставится в неполных предложениях с однотипно построенными частями, где пропущенный член восстанавливается из первой части. Однако при интонационной нерасчлененности предложения тире может отсутствовать.
