Лучше оформить такое предложение более наглядным выделением элементов разного уровня. Например:

Будет принято решение о готовности ООО «Дуб» к выполнению следующих видов работ: 5. Демонтаж (в части: 5.1. Демонтаж строений; 5.2. Демонтаж труб); 7. Разработка проектов; 8. Транспортировка (в части: 8.1. Транспортировка грунта; 8.2. Транспортировка труб), — а также о готовности к выполнению следующих видов работ при обследовании: 1. Ремонт трубопроводов; 13. Инженерные работы (за исключением геодезических работ).

В данном случае имеет значение, какое существительное перед нами — одушевленное или неодушевленное. Такие существительные мужского рода имеют разные окончания в формах винительного падежа, ср.: видеть мальчика (медведя, рыбака), сказка про мальчика (медведя, рыбака) — видеть бублик (дуб, стол), сказка про бублик (дуб, стол). Иначе говоря, слово колобок выступает здесь как неодушевленное существительное. 

Правильно: цвет фуксии, дуба, шоколада, молока, беж, но: цвет «дуб», цвет «темный орех».

Лучше всего написать: лес, в котором растут только каменные дубы (...растет только каменный дуб).

Алломорф – это вариант морфемы, например: [дуп] – [дуб], брать – беру, весной – весною. Вы имеете в виду варианты [обуф'] (обувь) – [обув] (обувной)?

«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.

В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.

В словообразовательном смысле это слово мотивировано словом дуб (образовано от этого слова). 

Не вполне понятно, что Вас смущает: Дуб — дерево. Роза — цветок. Олень — животное. Воробей — птица. Россия — наше отечество. С — скорость.

У слова что есть значение 'который', и такое употребление очень распространено в художественной литературе. Вариант демоны, что живут в каждом вовсе не является менее правильным, чем демоны, живущие в каждом или демоны, которые живут в каждом. Не очень понятно, почему Вы заподозрили, что это новое правило: подобные конструкции в изобилии встречаются в русской классике. Например: Старый дуб, что посажен отцом. Некрасов. Где насекомые, что так разнообразно жужжали в траве? Гончаров. Вот подарок тебе, что давно посулил. А. Кольцов. Не из тех ли только он бездушных, что в столице много встретишь ты? Некрасов. Спой мне песню ту, что пел ты в хате лесника. Полонский.

Большой толковый словарь